Domingos Peixoto é titular do Curso Superior de Piano e do Curso de Órgão do Conservatório Nacional (Lisboa), do Curso de Órgão do Conservatório Nacional de Lyon e do Curso Superior de Órgão da Schola Cantorum de Paris, enquanto bolseiro da Fundação Calouste Gulbenkian. Estudou ainda na École César Franck de Paris e no Instituto Pontifício de Música sacra de Roma. Teve, como principais mestres, Antoine Sibertin-Blanc, Louis Robilliard, Jean Langlais e Edouard Souberbielle. É licenciado em Filosofia (Faculdade de Filosofia de Braga) e tem o Mestrado em Ciências Musicais (Faculdade de Letras – Coimbra).

Leccionou no Centro de Cultura Musical de Caldas da Saúde, no Instituto Politécnico da Guarda e nos Conservatórios de Guimarães, Ponta Delgada, Guarda e Aveiro. Actualmente é o responsável pela disciplina de Órgão no Curso de Licenciatura em Ensino de Música da Universidade de Aveiro.
   Até 1990 apresentou-se regularmente em concertos em Portugal, França, Espanha, Itália e Alemanha, tanto a solo como integrando formações de música de câmara.
Daí para cá, mais voltado para a investigação, tem desenvolvido um projecto de estudo sobre os órgãos históricos de Aveiro e publicado vários trabalhos com eles relacionados. Responsável pela actividade da AMPO – Associação Musical Pro Organo, tem dirigido as Temporadas de Órgão, acompanhado trabalhos de restauro de instrumentos históricos e colaborado nas diversas iniciativas que se têm desenvolvido no sector organístico na cidade e região de Aveiro.